Η ERCP ενδείκνυται κυρίως σε απόφραξη των χοληφόρων όπως είναι η χοληδοχολιθίαση, καλοήθεις στενώσεις των χοληφόρων (π.χ. μετά από χολοκυστεκτομή, χρόνια παγκρεατίτιδα) και ο αποφρακτικός ίκτερος στα πλαίσια κακοήθειας όπως είναι ο καρκίνος της κεφαλής του παγκρέατος και το χολαγγειοκαρκίνωμα. Χρησιμοποιείται επίσης σε περιπτώσεις τραυματισμού των χοληφόρων και διαφυγής χολής μετά από επεμβάσεις χολοκυστεκτομής. Τέλος, σε σπανιότερες περιπτώσεις είναι δυνατή η χολαγγειοσκόπηση, η άμεση δηλαδή ενδοσκόπηση των χοληφόρων πόρων με τη χρήση ενός πολύ λεπτού ενδοσκοπίου στον χοληδόχο πόρο με στόχο τη λιθοτριψία μεγάλων λίθων και τη λήψη βιοψιών από στενώσεις ασαφούς αιτιολογίας. Θα πρέπει να τονιστεί ότι η ERCP δεν χρησιμοποιείται πλέον ως πρώτη διαγνωστική μέθοδος, λόγω δυνητικών σοβαρών επιπλοκών (όπως οξεία παγκρεατίτιδα). Συνήθως προηγούνται μη παρεμβατικές εξετάσεις όπως η MRCP και το ενδοσκοπικό υπερηχογράφημα (EUS).
Η ERCP έχει σήμερα σχεδόν αποκλειστικά θεραπευτικές εφαρμογές. Οι κυριότερες είναι η αφαίρεση λίθων από τον χοληδόχο πόρο, η σφιγκτηροτομή (διατομή του σφιγκτήρα του Oddi) για τη διευκόλυνση της εξαγωγής των χολολίθων και τη βελτίωση της παροχέτευσης της χολής, η τοποθέτηση stent σε καλοήθεις ή κακοήθεις αποφράξεις του χοληδόχου πόρου, η διαστολή στενώσεων και η λήψη κυτταρολογικού υλικού ή βιοψίας από περιοχές ύποπτες για κακοήθεια.
Η ERCP είναι πολύ χρήσιμη αλλά συνοδεύεται σπάνια (<5-10%) από σημαντικές επιπλοκές, μερικές από τις οποίες μπορεί να είναι πολύ σοβαρές. Οι κυριότερες είναι η οξεία παγκρεατίτιδα, η αιμορραγία μετά από σφιγκτηροτομή, η διάτρηση του δωδεκαδακτύλου ή των χοληφόρων, λοιμώξεις των χοληφόρων πόρων (χολαγγειίτιδα) καθώς και καρδιοαναπνευστικές επιπλοκές που σχετίζονται με την αναισθησία. Γι’ αυτούς τους λόγους η εξέταση θα πρέπει να διενεργείται μόνο από έμπειρους ενδοσκόπους και σε ασθενείς που υπάρχει σαφής ένδειξη.