Η κολονοσκόπηση πραγματοποιείται με τη χρήση ενός εύκαμπτου σωλήνα με ενσωματωμένη κάμερα, που δίνει ακριβή εικόνα του εσωτερικού του εντέρου και επιτρέπει τη λήψη βιοψιών ή την αφαίρεση πολυπόδων κατά τη διάρκεια της εξέτασης.
Η κολονοσκόπηση ενδείκνυται όταν ο ασθενής παρουσιάζει αιμορραγία από το ορθό, αναιμία, χρόνια διάρροια, κοιλιακό πόνο, ανεξήγητη απώλεια βάρους ή αλλαγές στις συνήθειες του εντέρου. Ακόμη, η εξέταση συνιστάται προληπτικά σε άτομα άνω των 50 ετών ή σε όσους έχουν οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του παχέος εντέρου, καθώς η έγκαιρη διάγνωση μπορεί να σώσει ζωές. Η κολονοσκόπηση θεωρείται η πιο αξιόπιστη μέθοδος για την ανακάλυψη πρώιμων αλλοιώσεων (πολυπόδων) που μπορούν να εξελιχθούν σε καρκίνο.
Η κολονοσκόπηση είναι σύντομη και ασφαλής εξέταση. Διαρκεί συνήθως περί τα 20-30 λεπτά. Ιδιαίτερη βαρύτητα θα πρέπει να δίδεται στην προετοιμασία του εντέρου. Συνήθως συστήνεται δίαιτα χαμηλού υπολείμματος για 5 ημέρες και ακολουθεί σχολαστικός καθαρισμός με καθαρτικά φάρμακα την παραμονή της εξέτασης. Προ της εξέτασης τοποθετείται φλεβοκαθετήρας διαμέσου του οποίου χορηγούνται τα φάρμακα της μέθης, ώστε η εξέταση να είναι ανώδυνη και εύκολα ανεκτή. Κατά τη διάρκεια της εξέτασης το κολονοσκόπιο προωθείται μέχρι το τέλος του παχέος εντέρου (τυφλό) και το έντερο ελέγχεται για τυχόν παθολογικά ευρήματα όπως πολύποδες ή καρκίνος. Ταυτόχρονα είναι δυνατή η λήψη βιοψιών για ιστολογική εξέταση καθώς και η αφαίρεση πολυπόδων. Με το πέρας της εξέτασης χορηγείται αντίδοτο για να αναστραφεί η δράση των φαρμάκων της μέθης και ο ασθενής παραμένει στην αίθουσα ανάνηψης για 10-15 λεπτά προκειμένου να ξυπνήσει πλήρως.
Ακολουθεί ενημέρωση του ασθενούς για τυχόν σημαντικά ευρήματα από την εξέταση και συζήτηση για τους επόμενους θεραπευτικούς χειρισμούς. Ο ασθενής μπορεί να φάει συνήθως ελεύθερα μισή με μία ώρα μετά την ολοκλήρωση της εξέτασης. Η οδήγηση απαγορεύεται για 6 ώρες λόγω των μειωμένων αντανακλαστικών που προκαλεί η μέθη. Τα αποτελέσματα τυχόν βιοψιών που ελήφθησαν ανακοινώνονται στον ασθενή σε δεύτερο χρόνο, όταν αποσταλούν από το παθολογοανατομικό εργαστήριο, συνήθως σε διάστημα 2 εβδομάδων.