Η μέθοδος αυτή χρησιμοποιείται για τη διάγνωση παθήσεων του λεπτού εντέρου, όπως η αιμορραγία αγνώστου αιτίoλογίας μετά από αρνητική γαστροσκόπηση και κολονοσκόπηση, οι φλεγμονώδεις νόσοι του εντέρου (νόσος Crohn), όγκοι ή πολύποδες, προσφέροντας μοναδική οπτική πρόσβαση σε περιοχές που δεν φαίνονται με παραδοσιακή ενδοσκόπηση.
Οι κυριότερες ενδείξεις διενέργειας ενδοσκόπησης με κάψουλα είναι σε ασθενείς με χρόνια αδιευκρίνιστη διάρροια, κοιλιακό πόνο, αναιμία λόγω απώλειας αίματος ή οξεία αιμορραγία από το πεπτικό σύστημα. Ειδικά σε περιπτώσεις αιμορραγίας που οι παραδοσιακές μέθοδοι, όπως η κολονοσκόπηση ή η γαστροσκόπηση, δεν εντοπίζουν την αιτία, η κάψουλα προσφέρει αξιόπιστη και αναλυτική απεικόνιση του λεπτού εντέρου. Η μέθοδος είναι ανώδυνη και ασφαλής, γεγονός που την καθιστά ιδανική για ασθενείς που θέλουν ή πρέπει να αποφύγουν πιο επεμβατικές εξετάσεις (π.χ. εντεροσκόπηση).
Ο ασθενής καταπίνει την κάψουλα μετά από 24ωρη νηστεία και ειδική προετοιμασία με καθαρτικά, ώστε να ληφθούν καθαρές εικόνες του εσωτερικού του λεπτού εντέρου. Η καταγραφή διαρκεί συνήθως περίπου 6-10 ώρες. Σε αυτό το διάστημα οι ασθενείς μπορούν να κάνουν απλές καθημερινές δραστηριότητες (π.χ. περπάτημα). Οι εικόνες καταγράφονται σε φορητή συσκευή και αναλύονται σε δεύτερο χρόνο από τον γιατρό για τεθεί η ακριβής διάγνωση του προβλήματος και να σχεδιαστεί η θεραπεία.